1952年，中国兽医药品监察所成立，一项基本任务是：“研究选择并保育制造兽医生物药品的菌种和种毒，以供应全国各厂需要”。 

　　1979年，中国微生物菌种保藏管理委员会成立，兽医微生物菌种保藏管理中心是其中7个专业性保藏管理中心之一。

　　1980年，农业部建立兽医微生物菌种保藏管理中心，设在中国兽医药品监察所，专门从事兽医微生物菌种(包括细菌、病毒、原虫和细胞系)的收集、保藏、管理、交流和供应。同时，在中国农科院哈尔滨兽医研究所、兰州兽医研究所和上海家畜寄生虫病研究所建立分中心的分管单位，负责专门菌种的保藏、管理。

　　2019年，OIE第87届大会通过决议，认可中国兽医药品监察所成为FAO—OIE牛瘟病毒保藏机构，成为继美国、英国、泛非联盟和日本后全球第五家保藏机构。

　　2020年，农业农村部在中国兽医药品监察所设立国家兽医微生物菌(毒)种保藏中心，主要负责菌(毒)种和样本的收集、筛选、分析、鉴定、保藏和管理，以及各分中心和保藏专业实验室所保藏菌(毒)种的统一编目。在中国农业科学院哈尔滨兽医研究所、兰州兽医研究所和上海兽医研究所、中国动物疫病预防控制中心、中国动物卫生与流行病学中心分中心、设立国家兽医微生物菌(毒)种保藏分中心，负责特定菌(毒)种的保藏和管理,定期向国家兽医微生物菌(毒)种保藏中心报送保藏目录。